Berdasarkan Catatan Sejarah Desa di Pemerintah Kabupaten Sidoarjo, Desa Kedungrejo sudah ada sejak dulu dengan nama “Kedung Gajah” dan menjadi pusat keramaian karena adanya pasar tradisional. Baru pada awal kemerdekaan berubah nama menjadi “Kedungrejo” bersamaan dengan terbentuknya Pemerintahan Kecamatan Waru. dan dapat dijelaskan disini bahwa sejak berlakunya Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1950 tentang Pembentukan Daerah Kabupaten/Kotamadya dalam Lingkungan Provinsi Jawa Timur dan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa, Desa Kedungrejo terbagi atas 5 wilayah perdukuhan/dusun yaitu: Dusun Kedungrejo Barat; Dusun Kedungrejo Timu; Bandilan; Pengkol dan Balongpoh.
Pada awal berdirinya Desa Kedungrejo dipimpin oleh Bapak Singoredjo (1945-1952) dilanjutkan oleh Bapak Suradji (1952-1957); Bapak H. Abd. Fatah (1957-1985); Bapak Drs. Sunardi (1985-2003); Bapak Fatah Isabilah (2003-2011); Bapak Hasan Syafi’i (2012-2018) dan Kepala Desa Kedungrejo periode (2018-2024) hingga sekarang dijabat oleh Bapak Nico Oktavian.
Dengan adanya Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah sebagaimana telah diubah beberapa kali dengan Undang-Undang Nomor 9 Tahun 2015 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Perubahan Atas undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan Peraturan Pemerintah Nomor 43 Tahun 2014 tentang Peraturan Pelaksanaan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Peraturan Pelaksanaan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa, Desa Kedungrejo terbagi atas 6 (Enam) Rukun Warga, dan 32 (Tiga Puluh Dua) Rukun Tetangga.
Desa Kedungrejo adalah desa yang berada di wilayah Kecamatan Waru Kabupaten Sidoarjo Propinsi Jawa Timur dan terletak di bagian utara dari Daerah Kabupaten Sidoarjo berbatasan dengan desa-desa yang berada di wilayah Kecamatan Waru, yaitu:
Sebelah Utara: Kota Surabaya
Sebelah Selatan: Desa Waru dan Desa Kureksari, Kec. Waru
Sebelah Timur: Desa Janti, Kec. Waru
Sebelah Barat: Desa Bungurasih, Kec. Waru
Secara Geografis luas wilayah Desa Kedungrejo sebesar 86 Ha dan Desa Kedungrejo adalah desa yang berada di sisi sebelah Utara Kecamatan Waru Kabupaten Sidoarjo, Provinsi Jawa Timur dengan ketinggian 4 meter dari permukaan laut, dengan topografi dataran rendah dengan suhu udara rata-rata 30 derajat Celcius.